La Laguna Blu non è affatto una laguna, ma un canale stretto di mare poco profondo racchiuso tra l'isola di Comino e l'isolotto di Cominotto. Il fondale qui è di sabbia chiara e la luce del sole, passando attraverso l'acqua, si disperde nel turchese che dà il nome allo stretto.
Comino stessa misura circa 3,5 chilometri quadrati e la sua popolazione permanente si è ridotta a una manciata di residenti.
L'isola prende il nome dal cumino, la spezia un tempo coltivata sui suoi terrazzamenti. Per secoli Comino è servita ai Cavalieri di San Giovanni come riserva di caccia e stazione di quarantena; la Torre di Santa Marija, un forte costiero tozzo costruito nel 1618 sotto il Gran Maestro Alof de Wignacourt, sorveglia ancora l'accesso. Le imbarcazioni che effettuano l'escursione in barca alla Laguna Blu di Malta da St Paul's Bay passano sotto questa torre all'arrivo, tracciando una rotta che pescatori e contrabbandieri utilizzavano molto prima che il turismo raggiungesse il canale. Oggi, un tour in barca alla Laguna Blu di Malta da St Paul's Bay segue la stessa costa calcarea, superando grotte marine scavate nelle scogliere sia di Comino che della vicina Gozo.
Gozo, l'isola settentrionale più grande, fa da perno al più ampio arcipelago esplorato da queste crociere. I suoi templi di Ġgantija sono anteriori alle piramidi di Giza, e la Laguna di Cristallo — una profonda insenatura riparata vicino a Comino — deve il suo nome alla limpidezza delle sue acque. Molti itinerari di crociere a Comino toccano entrambe, abbinando il turchese poco profondo del canale principale con lo zaffiro più scuro delle grotte. La crociera a Comino e alla Laguna Blu è diventata l'escursione giornaliera simbolo dell'estate maltese, e le acque circostanti fanno parte di una zona di conservazione marina designata.
La geologia spiega il colore. La costa di Comino è costituita da calcare a globigerina e corallino, poroso e chiaro, e il basso fondale riflette la luce verso l'alto attraverso un'acqua mediterranea insolitamente limpida. Non ci sono corsi d'acqua che possano intorbidirla. Gli operatori di motoscafi e catamarani che partono dalle baie settentrionali trasportano visitatori qui da decenni, e le crociere a Gozo, Comino e alla Laguna Blu rimangono tra le esperienze più richieste nelle isole. La cappella della Baia di Santa Marija, il canale della Laguna Blu e le grotte compongono insieme un piccolo arcipelago che ha attirato nuotatori, pittori e troupe cinematografiche: lo stretto ha fatto le veci dell'oceano aperto in più di una produzione cinematografica.
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